Metódy čistenia strojov na vodné studne zahŕňajú najmä fyzické preplachovanie, mechanické bagrovanie a pneumatické narážanie. Hlavným princípom je odstránenie sedimentu, bahna a biofilmu zo stien a dna studne pomocou fyzickej sily.
Metóda nasávania piestu: Špeciálne navrhnutý piest sa rýchlo pohybuje hore a dole vo vnútri plášťa studne, čím vytvára silný rozdiel tlaku vody na extrakciu sedimentu. Táto metóda je vhodná pre stredne hlboké až hlboké studne, efektívne rozbíja bahno na stenách studní a čistí vodonosnú vrstvu.
Preplachovanie-vodnou pištoľou: Využitie vysokotlakového prúdu vody 6–8 MPa na priame preplachovanie stien studne, vhodné pre plytké studne (okolo 20 metrov) na odstránenie bahna a usadenín. Môže sa použiť v spojení s ponorným čerpadlom na cirkulačné preplachovanie, kým nie je voda čistá.
Preplachovanie vzduchovým kompresorom (umývanie studne stlačeným vzduchom): Prúd vzduchu pod vysokým{0}}tlakom okamžite vytlačí vodný stĺpec z plášťa studne a pomocou spätného rázu odvedie nečistoty. Zvlášť účinné pre hlboké studne nad 30 metrov. Táto metóda dôkladne rozruší sediment vo vnútri studne, čím sa zlepší účinnosť čistenia.
Metóda mechanického čistenia: Táto metóda využíva mechanickú kefovú hlavu alebo škrabku na otáčanie a čistenie pozdĺž steny studne, aby sa odstránil prichytený vodný kameň, železné baktérie a biofilm. V prípade hlbokých vrtov možno na túto operáciu použiť zariadenia na diaľkové ovládanie alebo bežné nástroje na čistenie--(ako sú meradlá, brúsne frézy atď.).
